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Nace en una familia noble cortesana, alrededor de la corte del rey Dagoberto en Bélgica, siendo su padre un puesto importante dentro del palacio de Dagoberto.
Cuando la santa tenía 10 años, el rey Dagoberto quiso casarla formar una alianza política con el hijo de un duque, pero Santa Gertrudis quería ser monja.
Ella tomó hábitos y trabajó en a fundación de monasterio en Nivelles, Bélgica. Ayudó a construir nuevas iglesias y también hospitales, y se encargó de atender a los viajeros y a la población local.
Dedicaba mucho tiempo a la oración y se caracterizó por ofrecer hospitalidad tanto a animales humanos como no humanos. Muy cariñosa con los gatos que vivían alrededor del monasterio del que era monja profesa, ofreciéndoles tanto comida como afecto.
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Se le atribuye el milagro de la salvación de unos marineros que estaban cruzando el mar en viaje de negocios relacionado con el monasterio de Santa Gertrudis.
Al parecer durante la travesía fueron atrapados por una gran tormenta, siendo también amenazados por un gran animal marino (seguramente una ballena). Uno de los marineros no dejó de rezar implorando a Dios misericordia, ya que estaban en negocios con el monasterio y ministerio de Santa Gertrudis. Repentinamente la tormenta cesó y la criatura marina, tal vez una ballena asustada también por la tormenta, se alejó.